Na Pešterskoj visoravni nalaze se brojne pećine, jame, škrape i vrtače. Pećinski sistemi, koji predstavljaju ogromno, još nedovoljno istraženo blago Pešterske visoravni, još nisu na odgovarajući način predstavljeni turistima, ali su dobro poznati speleolozima. Ova visoravan je po pećinama i dobila ime, jer Pešter, u izvornom značenju ovog pojma, znači pećina. Pećine na Pešteru su neobične, duge i tajanstvene, obiluju stalaktitima, stalagmitima i drugim oblicima ukrasa taloženih vekovima u pećinskim galerijama i hodnicima iz prokapnih voda.

Ušački pećinski sistem
Ovaj pećinski sistem, jedan od najvećih u našoj zemlji, sastoji se od više speleoloških objekata međusobno povezanih kanalima, dugim 6 185 metara.: Ušačka pećina čini najveći deo ovog sistema. Ima dva ulaza, prvi u selu Gornje Lopiže a drugi u koritu Uvca. Smatra se najdužom pećinom u Srbiji, duga je više od 6 kilometara. Ledena pećina je za nijansu kraća od Ušačke. Njen glavni kanal prostire se paralelno sa glavnim kanalom Ušačke pećine, na rastojanju od oko stotinu metara. Bezdana jama je najmanji, ali i najinteresantniji deo Ušačkog pećinskog sistema. Ulaz u ovu jamu nalazi se na kraju slepe doline Miletin Do. Tubića pećina nalazi se u selu Tubići, pet kilometara severozapadno od Sjenice, ima dva ulaza i povremeno je hidrološki aktivna. Baždarska pećina nalazi se u selu Ursule, oko deset kilometara severozapadno od Sjenice.

Đalovića pećina
Ispod Pešterske visoravni, skoro celom svojom dužinom, prostire se i Đalovića pećina - najduža pećina na Balkanskom poluostrvu. Poznata kao Pećina nad vražjim virovima visoravni, ova pećina ima hodnike, lavirinte, odaje i dvorane u dužini od nekoliko desetina kilometara. U pećinu se ulazi kroz Đalovića klisuru, 25 kilometara severno od Bijelog Polja i prolazi se njenim odajama, dugim lavirintima i hodnicima koji se nalaze ispod Pešterske visoravni. Do sada je istraženo 11 750 metara ove pećine, koji se mogu podeliti u četiri dela: Kanal sa jezerima, veliki lavirint, Dugi kanal i prolazi koji spajaju gornje i donje delove. Pećina još uvek nije dostupna za turiste, tako da pristup za sada imaju samo istraživači.